最难办的还是如何继续深化改革。
市一级机构改革面临着诸多难点痛点：
一是公务员队伍庞大带来的问题。
庞大的公务员队伍意味着高额的工资、福利和办公经费支出，给东山市一级财政带来沉重负担，直接影响到对基础设施建设、民生改善等其他重要领域的投入；
人员众多使得管理幅度加宽，管理层次增多。在决策传达和执行过程中，容易出现信息失真、执行不到位等问题，绩效考核和监督管理也面临挑战，难以对每一位公务员进行全面、准确的评估；
而且庞大的公务员队伍使得晋升机会相对减少，容易出现职业发展瓶颈。公务员可能感到晋升无望，从而影响工作积极性和创造力，同时，也可能导致人才积压，一些有能力的人才无法得到充分发挥，影响整个队伍的活力和创新能力。
第二个就是机构众多带来的问题。
职能交叉重叠，众多机构之间往往存在职能交叉的情况，导致权责不清。在实际工作中，经常出现多头管理、推诿扯皮等现象，影响行政效率和服务质量，在一些涉及多个部门的重大项目审批中，可能需要多个机构分别审批，流程繁琐，耗时较长。
机构众多容易造成资源分散和重复配置。每个机构都需要一定的办公场地、设备和人员，这无疑增加了行政成本，同时，由于缺乏有效的资源整合机制，可能导致一些资源闲置浪费，而另一些领域却资源短缺。
其次协调难度大，众多单位在工作中需要相互协调配合，但由于各自的利益和目标不同，协调难度较大。这可能导致政策执行不一致、工作推进缓慢等问题。例如在城市规划和建设中，就涉及多个部门，如规划局、住建局、交通局等，如果协调不好，可能会出现规划不合理、建设重复等问题。
第三个就是干部能上不能下带来的问题
能上不能下使得干部队伍缺乏流动性，一些干部长期占据领导岗位，缺乏竞争压力，容易滋生官僚主义和不作为现象，而年轻干部晋升空间受限，积极性受挫，影响整个干部队伍的活力和创新能力。
能上不能下的用人机制不利于优秀人才的脱颖而出。一些有能力、有担当的干部可能因为没有空缺岗位而无法得到提拔，而一些能力不足的干部却长期占据岗位。
同时，也不利于对干部的监督和管理，难以形成优胜劣汰的用人导向。
能上不能下另外一个弊端就是可能导致干部队伍中存在一些不适应岗位要求的人员，他们的工作能力和水平无法满足工作需要，从而影响工作效率和质量，此外，也可能使得一些干部在工作中缺乏紧迫感和责任感，安于现状，不思进取。
有人在网上用唐宋时期的县衙做过比较：