咸和三年二月中，苏峻攻下建康，太后庾文君，司徒王导，光禄大夫陆哔，谢尚、刘靖、陶回、刘超、段秀等苏峻让他们各司其职。此前之事不再过问。
苏峻命人为司马宗平反，说：“昔日庾亮擅权专政，宗室受难，今日得以平冤昭雪！”
苏峻跨步入殿，剑履不解，小皇帝司马衍万分惊恐，问道：“爱卿，还有何事啊？欲给何人加官进爵？我…我定会答应！”
苏峻跪下说：“陛下明见，臣不敢有事欺瞒陛下！”
于是苏峻上奏，奏书中写道：“恢复司马羕西阳王的爵位，并追加太宰，录尚书事。又将麾下许柳改任丹杨尹，加封参军任让为左卫将军，祖涣为骁骑将军。”
司马衍正要走下台阶接过书信。
苏峻大喝一声说：“天子不可降阶！天子怎可屈身以事臣？”
司马衍被吓到，却强装镇定说：“大司空所言极是。天子怎能随意降阶！”于是命旁太监黄见去接过奏书。
司马衍从袖口中掏出四寸左右大小的印玺，盖了上去。
颤颤巍巍的说道：“准…准奏！”
苏峻接过诏书，跪拜说：“陛下圣明。”然后转身离去。
此时赵固将钟雅到来，见到苏峻。
苏峻说道：“当受车裂之刑！！！”
钟雅喊：“且慢！你若杀了我，难道不想知道庾亮何在！”
苏峻说：“你可知庾亮身处何方？”
钟雅说道：“知也！”
苏峻于是说：“将钟雅下狱，严刑逼供！”赵固将钟雅压走。
庾怡、庾怿没来及出城，被苏峻抓获。
苏峻问二人，“你们可知，你族兄庾冰，庾翼何在？”
庾怡说道：“庾冰死于乱兵，庾翼已投石勒！”
苏峻说：“胡言乱语！”
又命赵固将庾怡下狱，苏峻又看向庾怿。
苏峻问道：“你可知二人去向？”
庾怿连忙跪下，叩头说：“庾冰远逃吴郡，庾翼逃至晋陵！”
苏峻说：“我此行只为诛庾氏兄弟，你如此大义灭亲，就饶你一命，贬为庶人吧！”
庾怿跪下感谢道：“谢大司空宽容！留我一命啊！”
苏峻于是命韩晃和樊雅进晋陵搜寻庾翼。
苏峻来到太后寝宫，庾文君得知命女儿司马兴男躲于后屏。苏峻径直入殿，见到太后庾文君。
苏峻搬来胡凳坐着说：“臣前来拜见太后！”
庾文君说道：“之前王敦作乱，也没能如你这般！如此无礼！”
苏峻站起来说：“先帝离去之时，告诫于臣要辅佐晋室！你们庾氏乱政！祸国殃民！我清君侧！有何不妥？”
庾文君说道：“天下有你这等祸人！”
苏峻说：“臣闻天下姿美之人，皆聚于后宫！太后可荐一人，以侍臣也？”
庾文君惊恐说：“皇天在上，你欲行何为？！！”
苏峻说道：“太后勿要惊慌，太后已是丧夫寡之人，我断然不会取舍！固索求太后，赐家女与臣！”
庾文君说：“欲求何人？”
苏峻说道：“司马兴男！”
庾文君说：“宗室之女，不能外嫁！且兴男年岁尚轻，不能应允！！”
苏峻于是说：“太后好自为之！”
苏峻说完，将太后殿门封死，命下人道：“每日一饼，以为此母女二人充饥！”
苏峻出殿，此时卞咸说：“建康已然破败不堪，此时不如挟天子而令诸侯！！”
苏峻于是召集幕僚，说：“庾氏逃匿，必然窥伺我等！现我等手中天子俱在，众卿以为如何？”
祖涣说：“将天子迁入豫州之地！以为掌控！”
苏峻回：“不可，现石勒南下，祖约疲于奔命，此时若再引温峤、陶侃等人前来征讨，必然大败！”
赵固说：“不如将天子带回历阳，以为掌控？”
苏峻说：“不可，沿途朱绰、公孙成、刘建等人甲兵俱在，我等疲于应付，万一天子被他人擒获，岂不是为他人作嫁衣？”
许柳建议道：“不如攻下石头城。石头城中城防坚固，如今建康已然破败不堪，我等将建康城内所剩之物，带入石头城，后挟天子而令诸侯！再令祖涣等人，带军进攻刘建，朱绰等人，待清剿完毕，再将天子迁于历阳！”
苏峻说：“此不失唯一妙计也！”
苏峻将皇帝司马衍，和王导，陆哔等人带入石头城。路上王导和陆哔等臣僚，不断哭泣，哭喊道：“晋室无望，晋室无力！”
苏峻喊道：“不必再哭，我非曹孟德！岂会加害天子！”
一日后众人来到石头城，苏峻先入城，开城将皇帝众臣迎入。
苏峻将城中官府撤走，改为皇宫，其余各臣皆有安置。春三月，江面平静，太后庾文君被饿死于建康，司马兴男艰难逃出。
庾亮来到武昌，城上守将毛硕真问道：“何人？”
庾亮喊：“庾亮也！”