杜文焕拜表上奏不等朝廷回文下来就擅离职守的行为让朝廷很是恼火，于是朱由检亲自下诏褫去杜文焕右都督一职并撤去其延绥总兵官、提督山陕各镇军务的差遣，并收回了赐给杜文焕蟒袍玉带，然后下有司论罪。
最后兵部与刑部商议定了杜文焕一个擅离职守的罪，由于朱由检前面已经罚过了，所以兵、刑二部在惩罚上面只是追加了一个永不叙用。
当时在绥德州镇压张存孟的洪承畴得知杜文焕擅离职守后，便赶往杜文焕回家的必经之路榆林卫等着他，一番苦口婆心的劝说杜文焕还是不肯回去，于是洪承畴也只能作罢。
洪承畴在得知杜文焕的处罚决定后便果断的落井下石，洪承畴把他收集的杜文焕黑材料交给还没有回京的吴牲。
吴牲回京之后拿着洪承畴给的证词和证物，上书弹劾杜文焕去年在延川镇压张存孟之时，抢劫民财、掳掠妇女、杀良冒功之事。
最后经过都察院御史来陕核实无误后，杜文焕被流放云南充军。
《崇祯实录》载：“罢总兵杜文焕，以去冬在延川纵部将李崇荣杀乡民曹孟孝等男妇百九十九人，知县王道行闻于按察使李天经，吴牲劾之。”
这个双手沾满无辜百姓鲜血的明朝总兵官，最终还是躲过了应有的惩罚保住了一条狗命！不过历史终究会审判这种刽子手，使其永远钉在历史的耻辱柱上！
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这杜文焕一撂挑子不干整个山陕战区就乱做一团，大同总兵尤世禄和山西总兵孙显祖两人争夺提督一职是大打出手，互相之间上书朝廷揭对方的老底。
而目前作为延绥镇入陕援剿的最高将领曹文诏也加入到战团之中争夺山、陕提督一职。就这样两总兵一副将为了这个山、陕提督职位吵的不可开交，整个晋西北乱成了一锅粥，没一个将领发兵去剿贼。
还别说，这还真是物理意义上的晋西北乱成一锅粥，河曲附近那一片在地理位置上来说还真属于晋西北...
如今大明朝不仅在吵，最后吵来吵去决定让大同总兵尤世禄接替杜文焕山、陕提督一职。
不过原先监军的两个道台给撤了，换成了山西巡抚宋统殷，由宋统殷监山、陕各镇剿贼兵马。
也就等于说尤世禄这个提督实际上是巡抚宋统殷的副手，山、陕剿贼兵马的最高指挥权是他这个巡抚。
不过等到尘埃落定之后已经是一个月后的崇祯四年正月，在此之前河曲各路义军已经按照王嘉胤的计划分三路南下，官军的围剿计划再次破产。
而在崇祯四年的正月也发生了很多大事，杜文焕率家丁回家之后与副将张应昌合兵，在延安府保安县（今延安志丹县）大败神一元部农民军，并阵斩神一元及其帐下大将高应登。
这回杜文焕和他手下的家丁爆发出了自他们当兵以来最大的战斗力，杜文焕以一千家丁迎战数万农民军，在万军之中击杀神一元，大败陕西西路农民军。
杜文焕突然这么猛主要是他回到靖边营之后得知自己一家人全被图了，所以在悲愤之下爆发出了如此战斗力。
这神一元一死陕西农民军西路军便分崩离析，神一元的弟弟神一魁威望不足不能服众直接就散了摊子。
神一元手下另一员大将郝临庵、以及刘五（刘道江）刘六（刘道海）兄弟直接就自立门户。自此西路军彻底分裂无法像王嘉胤的东路军一样团结起来。