崇祯十六年三月，在朱由检的指导下，李继善联合巩永固，大肆收购棉花等生产原料，棉花价格大涨。
巾帽局火力全开，全力生产简易版口罩，但北京城人口众多，接近百万，巾帽局人手都磨出火花来了，仍然跟不上需求，于是，河间制造局也受命加入到生产口罩的大业之中。
与此同时，李信于北京城西郊设立隔离区，城中军队、人马往来熙熙，一队队带着口罩的军士将患病者送入隔离区，另一边，无数的尸体被扔上马车，一车接一车的拖到城外焚化。
北京城中一队队的军士往来巡逻，百姓们躲于家中，偶尔有上街之人也是形色匆匆，阴沉的天空下到处都充斥着尸体焚烧的味道，偶尔夹杂着丝丝抽泣之声，一片萧索。
至五月，北京城疫情刚刚得到控制，瘟疫又蔓延到了顺天府周边，天津，保定，真定，蓟州，大名等地迅速沦陷，各城纷纷开始戒严并向朱由检求援。在朱由检首肯下，内阁与军部再度联手，派出军队和医师员赶赴各城，同时内阁紧急调派口罩，药材等物资去往受灾各城，轰轰烈烈的抗疫行动开始了…
到崇祯十六年九月，瘟疫专家吴有性终于研制出抗疫之法，疫情逐渐得到控制。到十月，朱由检下旨各城解除戒严，各军回归驻地。消息传开，劫后余生的百姓们无不欢呼雀跃…
养心殿。
各部大佬再度汇聚一堂，大半年的高强度抗疫工作，让众人都瘦了一圈，施鳯来的大肚子也没了。此时他正一脸喜色的向朱由检汇报各处境况：
“启奏陛下，天佑大明啊，太医院那边研制出的药方治疗瘟疫效果极佳，如今药方已经发至各城，各城都在熬制药剂发放给百姓服用，相信用不了多久这场瘟疫就会结束了…”
朱由检早就收到了消息，倒也不甚惊奇，跟着感叹了一下之后便问出了自己关心的问题：
“嗯…天佑大明啊，这场劫难总算是度过去了，施阁老还是说说损失吧…”
施鳯来闻言脸色由晴转阴，正色道：
“回陛下，据各地通报上来的情况，本次瘟疫波及整个顺天府，从二月到九月期间，数百万百姓受灾，合计死亡丁口数高达十余万，其中包括四百余名医师。各地村镇的情况还在进一步统计之中。另外由于疫情影响，今年顺天府周边的春耕夏种都停顿了，预计到明年秋收之前，百姓都需要朝廷接济度日了…”
李信适时补充道：
“陛下，我军官兵也有二千余人死于瘟疫…”
朱由检沉默的点点头道：
“一应死者全都焚化，那四百余医者和二千余官兵抗疫有功，全部立上牌位，送入英烈祠，直系眷属一律从优抚恤。”
众人对朱由检的决定都没有异议，齐声道：
“谨遵陛下御旨。”
说完朱由检又看向户部尚书毕自严道：
“毕爱卿，如今国库状况如何？”
毕自严苦着脸说道：
“回陛下，从二月至今，各处采买物资都由我户部经手，再加数百万民众的物资供应，太仓国库已经空了一大半，虽有秋税补充，但若是要供应数百万人到明年秋收，恐怕远远不够…
还有就是，今年的养廉银和政绩银国库也发不出来了，臣请从内帑借调资金援助国库…”
朱由检心里一万头草泥马奔腾而过，这就是明摆着告诉他，又没钱了呗。他从崇祯元年奋斗到崇祯十六年，结果发现自己还在解放前，再一想，估摸着还不如解放前，那时候的大明至少还是统一的，想想就离谱…
思来想去，朱由检心中万般无奈，心中暗叹一声，早知道就听李信的就好了，哪来那么多麻烦。不过事已至此，眼下数百万百姓嗷嗷待哺，总不能放任不管，便朝着侯恂说道：
“唉…天灾无情人有情，既是我大明子民，朕不能眼睁睁看着百姓受苦而不管。候卿，从内帑支取三百万新元移交给国库应急，务必保证各部工作正常进行…”
侯恂一听三百万新元就是一阵肉痛，立马站出来气愤的说道：